Sở Giao thông vận tải thành phố Hồ Chí Minh là cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân thành phố, tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân thành phố thực hiện chức năng quản lý nhà nước về lĩnh vực giao thông vận tải (đường bộ, đường thủy nội địa) trong phạm vi thành phố và thực hiện một số nhiệm vụ, quyền hạn theo sự ủy quyền của Ủy ban nhân dân thành phố và theo quy định của pháp luật.
Sở Giao thông vận tải chịu sự chỉ đạo, quản lý về tổ chức, biên chế và công tác của Ủy ban nhân dân thành phố, đồng thời chịu sự chỉ đạo, kiểm tra về nghiệp vụ của Bộ Giao thông vận tải và Bộ Xây dựng
Tổ chức bộ máy Sở Giao Thông Vận Tải
Sở Giao thông vận tải do Giám đốc phụ trách chung, có một số Phó giám đốc giúp việc theo sự phân công của Giám đốc. Giám đốc Sở do chủ tịch Ủy ban nhân dân Thành phố bổ nhiệm. Phó Giám đốc Sở do chủ tịch Ủy ban nhân dân Thành phố bổ nhiệm theo đề nghị của Giám đốc Sở, các chức danh khác của Sở do Giám đốc Sở bổ nhiệm và miễn nhiệm theo sự phân cấp quản lý cán bộ của Thành uỷ và Ủy ban nhân dân Thành phố.
Các Phó Giám đốc Sở là người giúp Giám đốc Sở được Giám đốc Sở phân công chỉ đạo một số mặt công tác và chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở về nhiệm vụ được phân công.